2022年，全省在長江、太湖、淮河三大流域125個地表水斷面和23個集中式飲用水水源地開展淡水水生生物監測。

底棲動物 共監測到339種，主要優勢種為梨形環棱螺和銅銹環棱螺，生物多樣性指數均值為2.60，多樣性級別為“較豐富”。

著生藻類 共監測到365種，主要優勢種為顫藻屬某種和舟形藻屬某種，生物多樣性指數均值為2.93，多樣性級別為“較豐富”。

浮游植物 共監測到228種，主要優勢種為假魚腥藻屬某種和微囊藻屬某種，生物多樣性指數均值為2.51，多樣性級別為“較豐富”。

浮游動物 共監測到125種，主要優勢種為象鼻溞屬某種和針簇多肢輪蟲，生物多樣性指數均值為2.84，多樣性級別為“較豐富”。

依據中國環境監測總站制定的水生態環境質量綜合評價方法，長江流域水生態環境質量基本穩定，保持在“良好”水平；太湖流域水生態環境質量持續改善，但仍處于“中等”水平；淮河流域水生態環境質量小幅提升，由“中等”改善為“良好”水平。13個設區市中南京市、常州市、南通市、連云港市、鹽城市、鎮江市和泰州市水生態環境質量處于“良好”水平，其他均處于“中等”水平。

2022年，對全省13個設區市的主要飲用水水源地與環境空氣開展微生物監測。主要飲用水水源地水質微生物達標率為100%，與2021年持平。64個空氣微生物測點中，細菌含量評價為“清潔”的測點比例為73.4%，較2021年上升3.1個百分點；霉菌含量評價為“清潔”的測點比例為53.1%，較2021年下降4.7個百分點。