2021年，全省對長江流域、太湖流域、淮河流域126個國考斷面和23個飲用水水源地開展淡水水生生物監測。

底棲動物  共監測到231種，主要優勢種為梨形環棱螺和銅銹環棱螺，生物多樣性指數均值為2.36，多樣性級別為“較豐富”。

著生藻類  共監測到384種，主要優勢種為顫藻屬某種和舟形藻屬某種，生物多樣性指數均值為3.16，多樣性級別為“豐富”。

浮游植物  共監測到229種，主要優勢種為假魚腥藻屬某種和微囊藻屬某種，生物多樣性指數均值為1.87，多樣性級別為“一般”

浮游動物  共監測到95種，主要優勢種為廣布中劍水蚤簡弧象鼻溞，生物多樣性指數均值為2.59，多樣性級別為“較豐富”。

依據中國環境監測總站制定的生物、理化、生境指標綜合評價方法進行測評，2021年江蘇省長江流域水生態環境質量處于“良好”水平，太湖流域和淮河流域水生態環境質量處于“一般”水平。13個設區市中南京市、鎮江市、鹽城市、泰州市和揚州市水生態環境質量處于“良好”水平，其余均處于“一般”水平。

2021年，對全省13個設區市的主要飲用水水源地與環境空氣開展微生物監測，主要飲用水水源地水質微生物指標達標率為100%，與2020年持平。64個空氣微生物測點中細菌含量評價為“清潔”和“較清潔”的測點比例為89.1%，較2020年下降1.7個百分點；霉菌含量評價為“清潔”和“較清潔”的測點比例為71.9%，較2020年上升15.0個百分點。