2020年，全省對長江流域、太湖流域、淮河流域126個國考斷面和23個飲用水水源地開展淡水水生生物監測。

底棲動物  共監測到223種，主要優勢種為河蜆和梨形環棱螺，生物多樣性指數均值為2.62，多樣性級別為“較豐富”。

著生藻類  共監測到412種，主要優勢種為假魚腥藻和舟形藻，生物多樣性指數均值為2.98，多樣性級別為“較豐富”。

浮游植物  共監測到288種，主要優勢種為微囊藻和浮生微囊藻，生物多樣性指數均值為1.96，多樣性級別為“一般”。

浮游動物  共監測到104種，主要優勢種為簡弧象鼻溞和針簇多肢輪蟲，生物多樣性指數均值為3.17，多樣性級別為“豐富”。

依據中國環境監測總站制定的生物、理化、生境指標綜合評價方法進行測評，2020年江蘇省長江流域、太湖流域和淮河流域三大流域水生態環境質量狀況均為“健康”。13個設區市水生態環境質量狀況均為“健康”。

2020年，對全省13個設區市的主要飲用水水源地與環境空氣開展微生物監測，主要飲用水水源地水質微生物指標達標率為100%，與2019年持平。65個空氣微生物測點中細菌含量評價為“清潔”和“較清潔”的測點比例為90.8%，較2019年下降0.4個百分點；霉菌含量評價為“清潔”和“較清潔”的測點比例為56.9%，較2019年下降25.6個百分點。